W orzecznictwie reprezentowane są dwa poglądy odnośnie w/w zarzuty. Pierwszy, zdecydowanie przeważający zakłada, że nie powoduje skutku zawisłości sporu podniesienie w toku postępowania zarzutu potrącenia. Rozpoznanie zarzutu potrącenia nie powoduje także stanu powagi rzeczy osądzonej (tak np. w uzasadnieniu uchwały 7 sędziów - zasadzie prawnej - z 15 maja 2014 r., III CZP 88/13, OSNC 2014/11/108; uchwale z 20 listopada 1987 r., III CZP 69/87, OSNC 1989/4/64 oraz wyrokach z 6 lipca 1971 r., II CR 287/71, OSNC 1972/2/34 i z 6 września 1983 r., IV CR 260/83, OSNC 1984/4/59).
Powyższy pogląd przyjmuje, że powagę rzeczy osądzonej ma tylko rozstrzygnięcie o żądaniu pozwu, nie rozciąga się zaś ona na przesłanki rozstrzygnięcia (orzeczenie z dnia 6 lipca 1971 r. II CR 287/71, OSNCP 1972, z. 2, poz. 34), natomiast motywy rozstrzygnięcia, zawarte w uzasadnieniu wyroku (ustalenia faktyczne), nie wiążą sądu przy rozstrzyganiu innej sprawy, co wyłącza możliwość zgłoszenia - z powołaniem się na uzasadnienie wyroku - zarzutu sprawy prawomocnie osądzonej (orz. z dnia 6 września 1983 r. IV CR 260/83, OSNCP 1984, z. 4, poz. 59). Sąd Najwyższy w uchwale z dnia 20 listopada 1987 roku, stwierdził iż nieuwzględnienie przez Sąd zarzutu potrącenia nie stoi na przeszkodzie w późniejszym dochodzeniu pozwem objętego tym zarzutem roszczenia. W związku z powyższym wierzyciel może dochodzić w całości wierzytelności, w związku z którą jego zarzut potrącenia nie został w ogóle uwzględniony w innej sprawie
Odmienne, odosobnione stanowisko zajął  Sąd Najwyższy w postanowieniu z dnia 24 lipca 2013 r. (V CZ 44/13, LEX nr 1385908) gdzie wskazał, że zarzut potrącenia wywołuje identyczne skutki jak zgłoszenie roszczenia w drodze powództwa, w tym np. w zakresie zawisłości sprawy, a jego rozstrzygnięcie co do roszczenia przedstawionego do potrącenia stwarza stan powagi rzeczy osądzonej. W związku z powyższym nie możemy podnosić zarzuty potrącenia w sytuacji gdy, wierzytelność która nadaje się do potrącenia jest przedmiotem innej sprawy, która zawisła przed Sądem powszechnym. 
Abstrahując od powyższego w sytuacji kwestionowania zasadności roszczenia głównego, niezasadnym jest uwzględnienie postawionego przez stronę pozwaną ewentualnego zarzutu potrącenia.  Wymaga on bowiem uprzedniego bądź jednoczesnego złożenia oświadczenia woli o potrąceniu, chociażby w sposób dorozumiany. Nie jest natomiast skuteczne złożenie oświadczenia woli o potrąceniu w sposób ewentualny. Z art. 498 i 499 k.c. wynika, że do złożenia oświadczenia woli o potrąceniu konieczne jest wzajemne pozostawanie w stosunku do siebie w pozycji wierzyciela. Podmiot, który chce skorzystać z takiej formy wygaśnięcia zobowiązania, musi akceptować fakt istnienia przeciwko niemu wierzytelności wzajemnej. Nie można bowiem dokonywać potrącenia z wierzytelnością, która nie istnieje. Jeżeli pozwany kwestionuje przysługującą przeciwko niemu wierzytelność wzajemną, powinien skorzystać z instytucji pozwu wzajemnego, która daje możliwość dochodzenia roszczenia nie potrąconego a nadającego się do rozpoznania w tej samej sprawie.